Ledenjačka jezera su nastala u udubinama stvorenim erozivnim djelovanjem davnih ledenjaka. Ledenjaci su imali veliku erozivnu moć i uspjevali su udubiti i najčvršće stijene stvarajući doline u kojima će se smjestiti kad se ledenjak otopi, iza sebe ostavlja jednu ili više kotlina koje će se možda poslije napuniti vodom. U Hrvatskoj nema ledenjačkih jezera ima ih u susjednoj Sloveniji i u drugim alpskim zemljama. U Hrvatskoj se međutim nalaze svijetski poznata Plitivička jezera, nastala stvaranjem sedrenih prepreka u riječnoj dolini.
Tektonska jezera su nastala u udubinama poslije lomova zemljine kore. Dva največa i najdublja tekstonska jezera na Zemlji su Tanganjika u Africi i Bajkalsko jezero u Rusiji. Vulkanska jezera su jezera koja ispunjvaju kratere nekadašnjih vulkana.
Vulkanskom aktivnošću stvorena je kotlina koja se poslije napunila vodom, a naziva se i kaldera. Najčešće su kružnog oblika a najpoznatije vulkansko jezero je Crater Lake u državi Oregon u SAD-u.
Jezera u morske obale najčešće su slana. Njihovu stvaranju pogodovali su nanosi pijeska duž obale koji su spriječavali oticanje rijeke u more. Slana su i ona jezera koja su, ostavši bez kanala za napajanje, ili koja se nalaze u iznimno suhim predjelima s rijetkim kišama, izložena velikom isparavanju, čija je posljedica gomilanje mineralnih soli. Jedno od takvih je jezero Chad u središnjoj Africi.